في إطار تحسين الصحة العمومية عامة و تطوير البحث في العلوم الطبية خاصة للوكالة مهمة المساهمة في تحقيق البرنامج الوطني للبحث في الصحة
ولهذا الغرض تسعى الوكالة الى تحقيق المهام التالية:
1.إعداد برامج بحث ممتدة على سنة أو على عدة سنوات وفقا للأولويات الوطنية والسهر على حسن تطبيقها
2.القيام بإطلاق ومتابعة الدعوات الموضوعاتية للمناقصات المقترحة في إطار برامجها
3.تسهر الوكالة على تمويل مشاريع البحث طبقا لاتفاقيات و عقود
4.اشهار وتنشيط هياكل الدعم والإدارة والتمويل للبحث في الصحة
5.القيام بإعداد ومراقبة وتقييم أنشطة البحث التابعة لها
6.المساهمة في الإعدادات الهيكلية المادية للتظاهرات العلمية المقامة في إطار نشاطاتها
7.المساهمة في بناء علاقة مع الهياكل المعنية وفي تمويل نشاطات الخبرة والرسكلة اللازمة لتحقيق برامجها
8.القيام باقتناء الأجهزة واللوازم والمواد والمستندات المتعلقة بإنجاز برامجها
9.الحرص على بث وتثمين نتائج البحث التابعة لها