يتكون المجلس العلمي للوكالة من 12 إلى 15 عضو، مختارون من ضمن الأساتذة الباحثين والباحثين الدائمين التي تتعلق اختصاصاتهم بنشاطات الوكالة (قرار وزاري رقم 398-11 لـ 24/11/11 المعين لمهام تنظيم و عمل الوكالة الموضوعاتية للبحث في علوم الصحة).